Questo report descrive le caratteristiche genetiche di campioni di SARS-CoV-2 identificati in Veneto tra il 2 novembre 2020 e il 21 giugno 2021.

Su mandato regionale l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) sta monitorando le caratteristiche genetiche e la variabilità dei ceppi di SARS-CoV-2 presenti in Veneto. L’emergere di mutazioni nel genoma di agenti virali ad RNA come SARS-CoV-2 è un evento naturale ed atteso. Cambiamenti nella trasmissibilità del virus, nella gravità della malattia, nella capacità del virus di sfuggire all’immunità acquisita (post-infezione o vaccinazione) e ai test diagnostici in uso: questi sono gli elementi cruciali che definiscono le dinamiche di interazione di SARS-CoV-2 con la popolazione ospite. Sequenziare il genoma di un virus significa poter riconoscere l’emergere di varianti virali che possono modificare l’andamento e l’impatto dell’epidemia. Le mutazioni più interessanti sono a livello della proteina Spike del virus data l’importanza che questa riveste per il legame con i recettori cellulari e perché verso di essa sono rivolti i principali anticorpi che danno la protezione verso l’infezione e le forme cliniche.

Si ringraziano tutti coloro che hanno condiviso le sequenze nel database pubblico GISAID e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS 3, ULSS 4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno inviato i campioni oggetto di questo report.

In evidenza

  • Nel mese di giugno 2021 è stata individuata la circolazione in Veneto di undici lineage distinti, di cui:
    • quattro Variant of Concern (VOC): Alpha (lineage B.1.1.7 – variante inglese), Beta (lineage B.1.351 – variante sudafricana), Gamma (lineage P.1 o P.1.1 – variante brasiliana) e Delta (lineage B.1.617.2 – variante indiana);
    • una Variant of Interest (VOI): B.1.621 (variante originatasi in Colombia);
    • due Variant under monitoring: C.36.3 (variante originatasi in Egitto) e B.1.1.318.
  • Il risultato della sorveglianza “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) in Italia: lineage B.1.1.7, P.1, B.1.617.(1,2 o 3) e B.1.351, e altre varianti del virus SARS-CoV-2” del 22 giugno, coordinata da ISS, ha evidenziato in Veneto una prevalenza del 59,3% della variante Alpha (lineage B.1.1.7), del 22,2% della variante Gamma (lineage P.1.1) e dell’11,1% della variante Delta (lineage B.1.617.2). La variante nigeriana B.1.525 e la variante sudafricana B.1.351 non sono state individuate nel corso di questa sorveglianza.
  • I dati della sorveglianza evidenziano un aumento della prevalenza in Veneto delle varianti Delta e Gamma rispetto al mese precedente. In particolare si evince un aumento della prevalenza rispettivamente di 9.6 e 21.5 punti percentuali rispetto al mese di maggio.
  • Identificata per la prima volta in Veneto la variante B.1.621 (variante originatasi in Colombia). Tale variante si caratterizza per un elevato numero di mutazioni nella proteina Spike, molte delle quali in comune con altre VOC. Queste mutazioni potrebbero contribuire a rendere il virus meno suscettibile alla risposta anticorpale.

Limiti dello studio

Il numero di campioni sequenziati ad oggi da IZSVe è limitato rispetto al numero di casi positivi in Veneto e fornisce solo un’istantanea parziale delle possibili varianti circolanti nel territorio.

Descrizione dei nuovi campioni sequenziati in questo report

Nell’ambito del DGR 1424 del 21/10/2020 è stato ottenuto il genoma completo di un totale di 1386 campioni, di cui 1350 prelevati tra novembre 2020 e giugno 2021 e 36 campioni raccolti tra marzo e ottobre 2020.

Resoconto delle varianti rilevate in Veneto

Figura 1. Grafico dei principali lineage identificati in Veneto da gennaio 2020 a giugno 2021. Nell’asse delle ordinate è riportato il numero di sequenze del genoma completo per ciascuna variante.

Figura 1. Grafico dei principali lineage identificati in Veneto da gennaio 2020 a giugno 2021. Nell’asse delle ordinate è riportato il numero di sequenze del genoma completo per ciascuna variante.

Tabella 1. Lista delle varianti identificate in Veneto a partire dal mese di gennaio 2021. In rosso le varianti indicate da ECDC e WHO come variants of concern (VOC) e in azzurro le variants of interest (VOI (ECDC, WHO). I dati riportati fanno riferimento solamente ai virus di cui si dispongono sequenze del genoma completo sequenziati da IZSVe o disponibili in GISAID.

Lineage VOC/VOI gen-21 feb-21 mar-21 apr-21 mag-21 giu-21 tot
B.1.1.7 VOC Alpha 7 49 263 271 197 65 852
B.1.617.2 VOC – Delta 0 0 0 17 53 52 122
P.1/P.1.1 VOC – Gamma 1 4 7 7 14 16 49
B.1.177 22 14 6 3 0 0 45
B.1.525 VOI – Eta 0 2 6 22 3 0 33
B.1.351/B.1.351.3 VOC – Beta 0 0 1 3 10 1 15
B.1.258 0 12 2 1 0 0 15
B.1.258.17 0 4 7 2 1 0 14
C.36.3   0 0 0 5 6 2 13
B.1.160 4 5 2 0 0 0 11
B.1 0 0 1 0 4 3 8
B.1.177.75 0 2 4 0 0 0 6
B.1.1.420 0 1 4 0 0 0 5
B.1.1.318 0 0 3 0 0 2 5
B.1.620 VOI (Cameroon) 0 0 0 0 5 0 5
P.2 VOI – Zeta 0 3 0 0 0 0 3
AH.3 0 1 0 0 0 2 3
B.1.177.51 2 1 0 0 0 0 3
B.1.621 VOI (Colombia) 0 0 0 0 0 3 3
B.1.617.1 VOI – Kappa 0 0 1 1 0 0 2
B.1.177.53 0 1 1 0 0 0 2
B.1.1.353 0 2 0 0 0 0 2
B.1.1 0 0 1 0 0 0 1
B.1.526 0 0 0 0 1 0 1
B.1.177.83 1 0 0 0 0 0 1
B.1.221 1 0 0 0 0 0 1
A.21 1 0 0 0 0 0 1
L.3 1 0 0 0 0 0 1
B.1.177.10 0 1 0 0 0 0 1
B.1.1.136 0 1 0 0 0 0 1
N.5 0 0 1 0 0 0 1
B.1.499 0 0 0 0 1 0 1
B.1.1.317 0 0 0 0 0 1 1

Variante Delta – B.1.617.2

La variante Delta (lineage B.1.617.2), identificata per la prima volta in India a fine 2020, è stata designata una VOC (Variant of Concern) dal WHO l’11 aprile 2021.

Situazione epidemiologica in Veneto

In base ai risultati della sorveglianza ISS, in Veneto si evidenzia un aumento dei casi legati alla variante Delta nel mese di giugno (11,1%) rispetto al mese precedente (1,5%).

Complessivamente nella regione sono stati identificati 124 casi di variante Delta tra aprile e giugno in campioni provenienti dalle province di Padova, Rovigo, Treviso, Vicenza e Verona. Molti di questi casi sono stati riscontati in soggetti di rientro dall’India e loro familiari o derivano da focolai originatisi da contatti da soggetti di rientro dall’India. In particolare, segnaliamo che più del 70% dei casi di variante Delta sono stati identificati nella provincia di Treviso e la maggior parte sono associati ad un focolaio di infezione verificatosi in una singola azienda. Tuttavia, i dati suggeriscono una crescente diffusione di questa variante nel territorio regionale.

Caratteristiche della variante B.1.617.2

In base alle evidenze scientifiche disponibili, la variante Delta sembra essere il 40-60% più trasmissibile rispetto alla variante Alpha e potrebbe essere associata ad un maggior rischio di ospedalizzazione (ECDC, 2021). L’ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) stima che a fine agosto sarà responsabile del 90% dei casi riportati in Unione Europea.

Diversi studi evidenziano che coloro che hanno ricevuto una singola dose di vaccino sono meno protetti nei confronti della variante Delta rispetto ad altre varianti, indipendentemente dal tipo di vaccino, mentre le due dosi forniscono una protezione verso l’infezione con la variante Delta equivalente o quasi equivalente a quella osservata per le altre varianti (ECDC, 2021).

Per quanto riguarda gli anticorpi monoclonali approvati, in uno studio pre-print, Plana et al. suggerisce che Bamlanivimab perde la sua capacità neutralizzante nei confronti della variante Delta, mentre Etesivimab, Casirivimab and Imdevimab mantengono la loro efficacia.

Variante B.1.621

La variante B.1.621, identificata per la prima volta in Colombia a gennaio 2021, è stata individuata principalmente in USA, Spagna, Aruba e Messico. L’ECDC ha incluso questa variante tra le VOI (Variants of Interest) a causa di alcune mutazioni nella proteina Spike che ne rendono necessario il monitoraggio.

In Italia, la prima sequenza appartenente a questa variante è stata ottenuta da un campione prelevato ad aprile 2021 in Friuli Venezia Giulia per poi essere identificata anche in Emilia Romagna, Trentino Alto Adige, Campania e Lazio, mentre in Veneto ad oggi non era ancora stata rilevata.

Situazione epidemiologica in Veneto

Ad oggi in Veneto segnaliamo tre casi dovuti a questa variante indentificati tra il 17 e il 21 giugno in provincia di Vicenza.

Caratteristiche della variante B.1.621

Tale variante si caratterizza per un elevato numero di mutazioni nella proteina Spike tra cui R346K, E484K e N501Y nel sito recettoriale e P681H nel sito di taglio S1/S2 della proteina Spike, mutazioni in comune con altre VOC. Tale variante sembra essere emersa in Colombia, dove si è rapidamente diffusa aumentando notevolmente di frequenza in alcune aree del paese (Laiton-Donato, pre-print). Ad oggi non ci sono informazioni precise sulle caratteristiche di questa VOI, ma le mutazioni individuate potrebbero ridurre l’efficacia della vaccinazione o dell’immunità acquisita in seguito a infezione naturale.

Risultato della sorveglianza ISS – 22 giugno 2021

Si riportano sinteticamente i risultati ottenuti nell’ultima sorveglianza straordinaria nazionale sulle varianti di SARS-CoV-2 coordinata dall’ISS sui campioni positivi COVID-19 notificati il 22 giugno 2021.

A seguito della favorevole situazione epidemiologica, dato il numero esiguo di campioni notificati il 22 giugno in Veneto (N=20) rispetto all’ampiezza campionaria indicata per la sorveglianza da ISS (N=60), sono stati inclusi in questa analisi anche campioni notificati in data 21 giugno, per un totale di 27 campioni analizzati.

I virus presenti in questi 27 campioni appartengono a 4 varianti diverse (3 VOC e 1 VOI), così distribuiti secondo la nomenclatura dell’OMS:

  • 59,26% appartiene alla variante VOC Alpha (variante identificata per la prima volta in Inghilterra)
  • 22,22% appartiene alla variante VOC Gamma (lineage P1.1 discendente della variante identificata per la prima volta in Brasile)
  • 11,11% appartiene alla variante VOC Delta (variante identificata per la prima volta in India)
  • 7,41% appartiene alla variante B.1.621 (Colombia) indicata come VOI dall’ECDC.

La variante alfa rimane la variante prevalente. Tuttavia la frequenza di tale variante si è ridotta passando dal 94,2% di maggio a circa il 60% nell’ultimo mese.

La variante gamma (lineaggio P 1.1) è stata identificata nelle province di Venezia, Padova, Vicenza e Verona, suggerendo una discreta diffusione nel territorio. Considerato che la variante si caratterizza per la presenza di mutazioni che possono avere un impatto sulla capacità neutralizzante anticorpale, si raccomanda di effettuare un attento monitoraggio della sua diffusione sul territorio regionale.

La variante delta è stata identificata nelle province di Treviso e Padova. La prevalenza della variante nel territorio regionale è cresciuta di 9,61 punti percentuali rispetto alla sorveglianza precedente (23 Maggio) passando dall’1,5% all’11,11%.

La variante B.1.621 è stata identificata in due casi tra loro correlati nella provincia di Vicenza. Si tratta della prima identificazione in Veneto.

Referenze