Varianti SARS-CoV-2 in Veneto: virus ricombinante della variante Omicron (BA.1/BA.2) e risultati della sorveglianza ISS sui campioni notificati il 4 aprile 2022

Di seguito un aggiornamento sulle varianti di SARS-CoV-2 circolanti in Veneto, inclusi i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 4 aprile 2022.

Virus ricombinante della variante Omicron (BA.1/BA.2) in Veneto

Per ricombinazione si intende lo scambio di materiale genetico tra due varianti virali che infettano e replicano all’interno della medesima cellula, con conseguente generazione di un virus “chimera” il cui genoma è un mix delle due varianti. La ricombinazione è un evento comune per i virus membri della famiglia Coronaviridae come SARS-CoV-2.

Il primo ricombinante della variante Omicron identificato in Veneto è stato sequenziato dal Laboratorio di genetica, citogenetica e diagnostica molecolare dell’Ospedale dell’Angelo di Mestre (VE) in un campione prelevato da un paziente della provincia di Venezia nel mese di marzo 2022. È stato poi un lavoro di squadra tra i gruppi di lavoro dell’ospedale di Mestre, dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) e dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS) a confermare, mediante analisi bioinformatiche, l’evento di ricombinazione che è avvenuto tra le varianti di Omicron BA.1 e BA.2.

A seguito di questa prima identificazione, a inizio aprile 2022 sono stati rilevati altri due casi ascrivibili allo stesso virus nelle province di Venezia e Padova. L’analisi della sequenza genetica di questo ricombinante in un contesto globale ha rivelato che il virus è simile ai ricombinanti denominati XJ identificati inizialmente nel nord Europa, seppure si differenzi rispetto a tali virus per alcune mutazioni caratteristiche (una nell’ORF1a, due nell’ORF1b, una nella Spike, due nell’ORF8). Il ricombinante identificato attraverso la sorveglianza regionale si distingue dalla variante XE, responsabile di più di 1.000 casi nel Regno Unito (https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-sars-cov-2-variants-technical-briefings).

In particolare nel ricombinante Veneto la prima metà circa del genoma appartiene alla variante BA.1 e la seconda metà alla variante BA.2, mentre nella variante XE la porzione BA.2 è più estesa e rappresenta circa il 60% del genoma. Non si conoscono le caratteristiche fenotipiche del ricombinante identificato in Veneto perché ad oggi è stato caratterizzato solo geneticamente e la continua sorveglianza genetica sarà strategica per capire l’eventuale diffusione del virus sul territorio regionale.

Sorveglianza ISS: risultati delle analisi sui campioni notificati in Veneto il 4 aprile 2022

È stato ottenuto il genoma completo di 254 campioni inviati da 13 diversi laboratori distribuiti nella regione del Veneto.  Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5) e diversi sub-lineages. BA.1 e BA.2 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern), mentre BA.4 e BA.5 come VOI (Variants of Interest).

Nel corso della sorveglianza del 4 aprile, in Veneto sono stati identificati i lineage BA.1 (10.2%) e BA.2 (89.8%) e relativi sublineages (BA.1.1, BA.1.1.1, BA.1.17, BA.2.3, BA.2.9). Nel dettaglio:

Rispetto alla precedente sorveglianza del 7 marzo, il lineage  BA.2 è passato da una frequenza del 38.5% a una frequenza del  89.8%, confermandosi il lineage prevalente in Veneto. La frequenza del lineage BA.2 è così distribuita nelle varie province:

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2,  ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.