Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 5 luglio 2022.
È stato ottenuto il genoma completo di 207 campioni inviati da 11 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.
Varianti identificate
All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sub-lineages. BA.1, BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern) (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).
Nel corso della sorveglianza del 5 luglio in Veneto sono stati identificati i seguenti lineages:
| Variante | % |
|---|---|
| BA.5 e sublineages | 75,8% |
| BA.4 e sublineages | 14% |
| BA.2 e sublineages | 9,7% |
| BA.1 e sublineages | 0,5% |
Rispetto alla sorveglianza precedente si osserva un notevole incremento delle varianti BA.4 e BA.5, che complessivamente hanno raggiunto una prevalenza dell’89,8%. La variante BA.5 è passata da una frequenza del 22% (7 giugno) ad una frequenza del 75,8% (5 luglio), diventando la variante prevalente in Veneto, mentre la variante BA.4 ha subito una aumento di frequenza di 12 punti percentuale, passando dal 2% del 7 giugno al 14% del 5 luglio.
Distribuzione sul territorio
I lineage identificati nel corso della sorveglianza sono così distribuiti tra le province del Veneto:
| Provincia | BA.1 | BA.2 | BA.4 | BA.5 |
|---|---|---|---|---|
| Belluno | – | 8,7% | 21,7% | 69,6% |
| Padova | – | 5,0% | 15,0% | 80,0% |
| Rovigo | – | 20,0% | 20,0% | 60,0% |
| Treviso | – | 12,5% | 4,2% | 83,3% |
| Venezia | – | 20,6% | 11,8% | 67,6% |
| Verona | – | 8,6% | 17,1% | 74,3% |
| Vicenza | 2,2% | 4,3% | 13,1% | 80,4% |
Padova, Treviso e Vicenza sono le tre province con la più alta frequenza di BA.5 (>80%), mentre la maggiore frequenza di BA.4 si osserva nelle province di Belluno e Rovigo (>20%).
Mutazioni
Si segnala la presenza in un campione BA.2 delle seguenti mutazioni aggiuntive nel sito di legame al recettore della proteina Spike: R346T, S375Y, K444N.
Nello specifico:
- R346T: la mutazione R346T è presente in 7.226 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), di cui il 45% è rappresentato da BA.2, il 17% da BA.4 e l’8% da BA.2.9.4. Questa mutazione potrebbe avere un impatto sul riconoscimento da parte degli anticorpi (Greaney et al., 2022) e aumentare l’affinità del legame della variante BA.2 al recettore ACE2, rendendo il virus più trasmissibile (Starr et al., 2020).
- S375Y: tale mutazione è presente in 87 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), principalmente AY.119 (55%), AY.4 (10%) e BA.2 (9%). Non si conosce ad oggi il ruolo di questa mutazione.
- K444N: La mutazione K444N è presente in 2037 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), tra cui BA.2.38 (12%), AY.4 (10%) e BA.2 (9%). È stato osservato che sostituzioni amminoacidiche in questa posizione possono conferire una maggiore resistenza ad alcuni anticorpi monoclonali (Liu et al., 2021 – Weisblum et al., 2020). La mutazione K444N, nello specifico, è stata associata a una ridotta sensibilità (755 volte) all’imdevimab.
Referenze
- Greaney et al. (2022). An antibody-escape estimator for mutations to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain, Virus Evolution, Volume 8, Issue 1, 2022, veac021, https://doi.org/10.1093/ve/veac021
- Starr et al. (2020). Deep mutational scanning of SARS-CoV-2 receptor binding domain reveals constraints on folding and ACE2 binding, Cell, Volume 182, Issue 5, 3 September 2020, Pages 1295-1310.e20
- Liu et al. (2021). Identification of SARS-CoV-2 spike mutations that attenuate monoclonal and serum antibody neutralization, Cell Host & Microbe, Volume 29, Issue 3, 10 March 2021, Pages 477-488.e4
- Weisblum et al. (2020). Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife. 2020 Oct 28;9:e61312. doi: 10.7554/eLife.61312.
Ringraziamenti
Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.
