Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 6 settembre 2022.
È stato ottenuto il genoma completo di 104 campioni prelevati nelle date del 5-6 settembre 2022 e inviati da 12 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.
Varianti identificate
All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern).
Nel corso della sorveglianza del 6 settembre in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:
| Variante | % |
|---|---|
| BA.5 e sublineage (BA.5, BA.5.1, BA.5.1.1, BA.5.1.10, BA.5.2, BA.5.2.1, BA.5.2.3, BA.5.9, BE.1, BE.1.1, BF.5, BF.7) | 92,3% |
| BA.4 e sublineage (BA.4, BA.4.1, BA.4.6, BA.4.7) | 5,8% |
| BA.2 e sublineage (BA.2.38., BA.2.75) | 1,9% |
In Veneto le varianti BA.4 e BA.5 complessivamente hanno raggiunto una prevalenza dell’98,1%. Rispetto alla sorveglianza precedente la percentuale dei vari lineage risulta abbastanza stabile.
In base al sito dell’Organizzazione mondiale della Sanità (WHO) a livello globale Omicron rimane la variante dominante, col 99,4% delle sequenze depositate in GISAID negli ultimi 30 giorni. Il lineage BA.5 continua a crescere in percentuale e la prevalenza del lineage BA.2 e dei relativi sublineage risulta stabile, tranne un leggero aumento del sublineage BA.2.75 in alcuni paesi.
Distribuzione sul territorio
I lineage identificati nel corso della sorveglianza sono così distribuiti tra le province del Veneto:
| Provincia | BA.2 | BA.4 | BA.5 |
|---|---|---|---|
| Belluno | – | – | 100,0% |
| Padova | – | 16,7% | 83,3% |
| Rovigo | – | – | 100,0% |
| Treviso | – | – | 100,0% |
| Venezia | – | 8,0% | 92,0% |
| Verona | – | – | 100,0% |
| Vicenza | 6,1% | 6,1% | 87,9% |
Il lineage BA.5 rappresenta la totalità dei casi nelle province di Belluno, Rovigo, Treviso e Verona.
Sublineage BA.2.75
Da notare che nella provincia di Vicenza sono presenti gli unici due casi appartenenti al lineage BA.2, uno dei quali è rappresentato dal sublineage BA.2.75, riconosciuto da ECDC come VOI (Varianat of Interest). Tale variante si caratterizza per 9 mutazioni aggiuntive nella proteina Spike.
Questo sublineage è dominante in India dove è stato identificato per la prima volta in maggio. Fortunatamente non si sta assistendo ad un significativo aumento di ospedalizzazioni in India nonostante l’andamento di questo nuovo sublineage. Anche in Inghilterra si sta osservando un aumento in frequenza del lineage BA.2.75 (attualmente si contano 118 casi) e sono stati individuati due sublineages chiamati BA.2.75.1 (con mutazione aggiuntiva S:D574V) e BA.2.75.2 (con mutazioni aggiuntive S:F486S e S:D1199N).
Attualmente, a livello globale, sono presenti 6700 sequenze appartenenti al sublinage BA.2.75, 4500 delle quali solo in India. In base alle sequenze disponibili in GISAID (al 13/09/2022), in Italia si contano 4 casi di BA.2.75, due in Lombardia, uno in Emilia Romagna e uno in Basilicata.
Studi recenti (link 1, link 2) hanno dimostrato che tale variante non sembra essere più resistente agli anticorpi rispetto a BA.4 e BA.5. Tuttavia, il virus della provincia di Vicenza presenta due mutazioni a livello del receptor binding domain (RBD) della proteina Spike (S:R346T e S:F486S) che potrebbero conferire una potenziale resistenza a diverse classi di anticorpi monoclonali. Le stesse mutazioni sono presenti anche nel campione di BA.2.75 identificato in Emilia Romagna.
Sublineage BA.4.6
Si segnalano inoltre due campioni appartenenti al lineage BA.4.6, uno della provincia di Padova e uno della provincia di Vicenza, caratterizzati dalla mutazione nella Spike R346T. Questa mutazione, oltre ad avere un impatto sul riconoscimento da parte degli anticorpi, potrebbe aumentare l’affinità del legame della variante BA.4.6 al recettore ACE2, rendendo il virus più trasmissibile.
Il sublineage BA.4.6 è attenzionato negli Stati Uniti dove, a partire dal mese di luglio, ha iniziato a crescere raggiungendo il 9.2% dei casi totali. Tuttavia ad oggi non si conoscono ancora le caratteristiche biologiche di tale variante. Attualmente in Italia si contano 105 sequenze appartenenti al lineage BA.4.6 (GISAID, 13/09/2022), di cui 24 identificate in Veneto a partire dal 21 giugno.
Mutazioni
All’interno di questa sorveglianza la mutazione R346T è stata rilevata in altre 7 sequenze, una BA.4, una BA.5.1, una BA.5.2.1 e quattro BF.7. Nella stessa posizione amminoacidica sono state rilevate altre due mutazioni: la mutazione R346K in un campione appartenente al lineage BA.5.3 e la mutazione R346I in un campione appartenente al lineage BA.5.9.
Ringraziamenti
Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.
